Punta estrema occidentale della Sicilia la città sorge su Capo Boeo, con vista sulle isole Egadi e sulle isole dello Stagnone (queste ultime fanno parte del territorio comunale). Proprio l'arcipelago dello Stagnone è una delle zone più suggestive della città, essendo riserva naturale e avendo un ricco patrimonio storico. Mothia (una delle isole) infatti fu insediamento fenicio che diede origine alla attuale città. Quando infatti i siracusani riuscirono a espugnare Mothia dopo innumerevoli e vani assedi la distrussero. I sopravvissuti fondarono, insieme ai nuovi padroni romani, Lilybeo proprio dove oggi sorge Marsala.

Marsala si sviluppa intorno ai due assi viari dell'impianto originario fenicio e poi romano, il cardo e il decumano (oggi via XI maggio, altrimenti detta il "Cassero"), che si incrociano al centro della città e collegano i quattro antichi ingressi, due dei quali ancora esistenti: Porta Nuova, ricostruita nel ‘700, e Porta Garibaldi, l'ex Porta di mare, che l'11 maggio 1860 vide il passaggio dei Mille che entravano a Marsala.

Questo quadrilatero, delimitato anticamente da una cinta muraria della quale restano solo due bastioni e un baluardo, racchiude il centro storico, con il cinquecentesco Quartiere spagnolo, che oggi ospita gli uffici del Comune; Palazzo VII aprile, costruito tra il ‘500 e il ‘600 dove in precedenza si trovava la Loggia dei Pisani, oggi sede del Consiglio Comunale; la Chiesa Madre, con la maestosa facciata barocca, ricostruita, a partire dal 1600, sull'impianto normanno del 1176 e dedicata a San Tommaso di Canterbury; il monastero cinquecentesco di San Pietro, nell'antico quartiere ebraico; il medievale Convento del Carmine e molte altre chiese, conventi, palazzi gentilizi di notevole valore storico, artistico e architettonico, costruiti in gran parte tra il XVI e il XVIII secolo.